Der Aufgabenbereich der Abteilung Mittelalter reicht von der Spätantike bis in die Neuzeit; den Schwerpunkt bildet das frühe Mittelalter. Im Zentrum steht die frühmittelalterliche Archäologie Frankfurts, die zum einen die Auswertung der Altstadtgrabungen und zum anderen die Archäologie und Frühgeschichte des Rhein-Main-Gebietes umfasst. Beide Bereiche sind miteinander verschränkt.
Weitere Forschungsgebiete des Abteilungsleiters Egon Wamers bilden die Archäologie und Kulturgeschichte der Karolingerzeit und der Wikingerzeit sowie die Schatzkunst und die Ikonographie des Frühen Mittelalters.
